1、引爆摩天楼
    歹徒向工藤新一发出了挑战，在米花市区各地安装了炸弹，其高明的作案手法令警察百思不得其解。在柯南的缜密推理下，终于将嫌疑犯的矛头指向了具有歪曲审美意识的变态建筑师森谷帝二，并巧妙的利用线索揭露了其罪行。
    但事情并没有结束，柯南从森谷帝二口中得知，小兰将要与新一一起看午夜电影的大厦也被他埋下了炸弹。小兰在柯南的指导下逐步将炸弹拆掉，但就在快成功时，却出现了设计书上所没有的红线与蓝线！随着时间一分一秒的流逝，小兰必须要尽快做出选择。到底红线还是蓝线才是新一与小兰的命运之线？电影《红线的传说》又是否会为他俩带来奇迹？


2、第14个目标
    目暮警部、妃英理、阿笠博士皆无故遭到神秘人士的偷袭，而犯案现场都留下了一张诡异的扑克牌，并且受害人多少都与小五郎有点关系，这到底意味着什么？柯南从扑克中推理出犯人将根据牌中的数字进行犯罪，也就是说被害人的名字中会带有数字！那么谁又会成为下一个被狙击的目标？眼看周围的人一个个的倒下了，柯南是否会拆穿凶手的真面目呢？最终，凶手将魔手伸向了小兰，柯南是否会保护她呢？


3、世纪末的魔术师
    怪盗基德发出预告函，说要偷取俄罗斯皇室遗产“回忆之卵”。小五郎、柯南、小兰、平次、和叶被邀请到铃木财团去解读预告函并保护它。
    不料误解了基德真正的含义，结果让基德得到了。谁知螳螂捕蝉、黄雀在后，基德却被一个专门攻击别人右眼的罪犯“史拷兵”射伤了右眼，坠海失踪……柯南夺回“回忆之卵”，却惊奇发现它与设计图并不相符……
    于是柯南等人前往香阪家的城堡去探个究竟，途中小兰怀疑了柯南的身份……
    在宏伟的城堡里却步满里机关，没想到“史拷兵”也混在了队伍中，趁乱偷走了“回忆之卵”，并把枪口对准了小兰……柯南英勇的解救小兰使她又一次看到了新一的身影……
    将“史拷兵”绳之以法，柯南回到了家中。“那时柯南好帅哦……简直就像新一一样……”看到小兰落泪的样子，柯南知道再也瞒不下去了。就在他刚要说穿身份时，新一却出现了……


4、瞳孔中的暗杀者
    两位东京警视厅的警官惨遭杀害，死时手中都握着警察手册，警视厅正对此事进行严密调查。柯南与小五郎向目暮警官询问此事，不料却被他一口回绝。在小五郎的再三追问下，白鸟警官却回了一句“NEED NOT TO KNOW”。这是警察间的暗语，也就是说此事与警察组织内部有关！
    在白鸟的妹妹的婚礼宴会上，佐藤为了保护小兰也被凶手伤成重伤，小兰因为承受不了这个巨大的打击而失忆。
    由于小兰是唯一目击证人，因此凶手也对小兰进行了一连串的追杀。此时，失忆的小兰是最脆弱的，为了能唤会小兰对新一的记忆，为了能将凶手绳之以法，柯南展开了行动……


5、往天国的倒数
    柯南一行人在露营归途中顺便去参观了japan最高的双塔摩天大楼，正巧遇上了被邀请的小五郎、兰和园子。他们在秘书的带领下参观了大楼内部。不料此时黑衣组织的成员GIN和伏特加却在大楼附近……柯南的真实身份会被他们发现吗？灰原最近每天晚上又是在跟谁私下通话？而她究竟是敌是友？
    不久，接二连三的杀人案件发生了。在目暮警部的极力劝阻下，开幕式仍然照旧进行。此时黑暗组织由于将园子误认为是SHERRY而对大楼进行了狂哄滥炸，柯南面临了史上最恐怖的一次挑战……


6、贝克街的亡灵
    在东京米花市政大楼里即将举行一个将改变整个电玩世界版图的名为“茧”的虚拟游戏，此游戏集合了最先进的科技，提供5种虚拟舞台，在催眠的状态下，与具备声音辨别系统的游戏一边对话、一边游玩。柯南等人也受邀请参加发布会，并阴错阳差地混入了允许试玩茧的孩子们中。
    另一方面，此游戏的研发者坚村被害，但坚村死前留下了信息——JTR（开膛手杰克）！当游戏开始后，一个自称“诺亚方周”的人工智能控制了游戏，并宣称“如果所有人都在游戏中出局，那么你们就不会回到现实世界”，开始了一场以50条人命为赌注的游戏。